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세균 Genome을 효율적으로 비교할 수 있는 Kit

Clontech PCR-Select Bacterial Genome Subtraction Kit

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Product index

Overview
High fidelity PCR: PrimeST..
Standard PCR: Ex, LA, rTaq..
Direct PCR: MightyAmp
Dye가 포함된 premix
특수 PCR (Epigenetics, UNG..
PCR Enzyme (Clontech)
DNA PCR 관련 제품
RT-PCR 관련 제품
Mutagenesis
- Diversify PCR Random M..
PCR Subtraction 관련 제품
PCR Accessory Products
- Advantage Ultrapure PC..
- TaqStart Antibody
Whole Genome SNP Detection
- TITANIUM DNA AMPLIFICA..
병원체ㆍ유전자 검출 (PCR)

Clontech PCR-select bacterial genome subtraction Kit에 의해 세균 genome을 효율좋게 비교할 수 있다. 단 수 일만에 한쪽의 세균주에만 존재하는 genome 서열의 subtraction이 끝난 library를 얻을 수 있다. 본 Kit을 사용하면 병원성과 관련한 유전자 영역의 동정이나 2 종류의 세균주 간에서 다른 genome DNA의 동정을 실시할 수 있다.

PCR-select에서는 1 회의 subtraction hybridization과 선택적 증폭에 의해 subtraction이 이루어지기 때문에, 단일사슬 DNA의 물리적 분리가 필요하지 않다. Clontech PCR-select Kit에 필요한 세균 genome DNA 시료는 단 2 ㎍이고 소요시간은 2~3일간 정도이다. 본 Kit은 high throughput한 시료처리에 적합하다.

Clontech PCR-select bacterial genome subtraction Kit에는 7 반응분의 시약과 user manual이 포함되어 있다. 장거리(LD) PCR용 PCR 혼합효소는 별도로 준비해야 한다. Advantage 2 polymerase mix(Cat. No. 639201) 사용을 권장한다.

그림 1. 유연관계가 없는 H. pylori주 간에서의 유전자 함량 차이 관계가 없는 2 주의 H. pylori를 사용하여 PCR-select에 의한 subtraction을 실시하였다. Tester에 J166 주를 사용하고, driver에는 26,695 주를 사용하였다. PCR 증폭을 실시한 후에 1.5 % agarose gel을 사용하여 subtract 전의 tester(lane 1) 및 driver(lane 2)의 전기영동을 실시하고(0.3 mg/lane) nylon filter에 전사하였다. Subtraction이 끝난 library 유래의 clone을 무작위로 선택하여 filter와 hybridized시켰다(Panel A-D) 20 clone의 해석을 실시한 결과, tester만으로 hybridized시킨 clone(예, Panel A, B) 또는 tester 측이 교배 효율이 높았던 clone(예, Panel C)은 10 clone이 있었다.

구성물

Rsa I
Rsa I restriction buffer
T4 DNA ligase
Adaptors 1 & 2R
DNA ligation buffer
Dilution buffer
Hybridization buffer
PCR primer 1
Nested primers 1 & 2R
PCR control subtracted genomic DNA
E. coli strain B genomic DNA
Control DNA
23S RNA forward & reverse primers
User manual(PT3170-1)

보존

실온 : Hybridization buffer
-20 ℃ : 이외의 모든 시약

적용분야

세균 genome subtractive hybridization
유전자 특정

참고문헌

1. Diatchenko, L., et al.(1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:6025-6030.
2. Gurskaya, N. G., et al.(1996) Anal. Biochem. 240:90-97.
3. PCR-select cDNA subtraction Kit(October 1995) Clontechniques X(4):2-5.
4. Akopyants, N. S., et al.(1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:13108-13113.

Keyword :

PCR Subtraction 관련 제품

세균 Genome을 효율적으로 비교할 수 있는 Kit

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